蒸發式冷凝器在運行過程中存在的最大問題是形成水垢和污垢，而且由于其蒸發汽化的工作機理，它比其他類別的冷凝器更易結垢。因此，對于蒸發式冷凝器的維護保養，主要就集中在如何解決蒸發式冷凝器的結垢問題。由于管子表面上的水不斷蒸發式冷凝器的工作環境在室外，且高溫潮濕，易于腐蝕，因此其上箱體和下箱體應保證足夠的鍍鋅厚度。由于管子表面上的水不斷蒸發易結垢，而結垢將大大降低蒸發式冷凝器的換熱性能，為此，可以采取以下的措施來解決蒸發式冷凝器的結垢問題。在平常的運行中，要保持設備管路的清潔，要經常做預防性檢測，以最大程度地實現蒸發式冷凝器的維護與保養。

蒸發式冷凝器采用懸臂型蒸發式冷凝器：主機在起停的過程中，由于冷凝器蛇形管存在著壓力差和溫度差，導致銅管產生伸縮超直效應，由于銅材、垢質膨脹系數差別很大，因而懸臂型蒸發式冷凝器有自動脫垢的功能。在運行過程中由于制冷劑在冷凝器中發生兩相轉換產生高頻震動，因此很難形成結垢核心，導致水垢無法附著管壁；冷凝器制作時進行預膜防垢處理，可有效的阻止污垢晶體在銅管表面上附著；采用少量連續排水裝置，將冷卻循環水的鈣離子的濃縮倍數控制在一定范圍內，有效的防止垢質的析出；設置預冷器，使冷凝器管的表面蒸發溫度在50℃以下，采用大水量，密集型布水器，確保冷凝器管表面時刻被水膜包覆，無干涸點。當換熱盤管的表面溫度低于50℃時，產生的垢質疏松，易于沖洗，當其表面溫度高于50℃時，產生的垢質堅硬，難以清除。（5）設置檔水板，使較高溫度的冷凝管上無水沾附，可有效地預防冷凝器結垢。